Потому что главная часто «тонкая»: мало текста, много ссылок, нет чёткой тематики. РСЯ не может определить, какую рекламу показывать, и отключает блоки.
Решение: добавьте на главную информационный блок — например, «Топ-5 статей месяца» с краткими описаниями, или «Руководство по выбору [тема]». Даже 300–500 уникальных слов с ключами помогут алгоритму понять тематику и включить рекламу.