Да, особенно если они не из официальных репозиториев.
Кастомные скрипты могут содержать бэкдоры, трояны или быть привязаны к аккаунту продавца.
Попросите список всех плагинов и скриптов, проверьте их лицензии.
Убедитесь, что после передачи они останутся работоспособными.
Отсутствие документации по кастомным решениям — риск потери функционала после смены владельца.